中國科學院亞熱帶農業生態研究所（The Institute of Subtropical Agriculture, The Chinese Academy of Sciences.）的前身是中國科學院桃源農業現代化研究所，成立于1978年6月19日，所址選在湖南省桃源縣城關鎮漁父路，第一任所長為著名土壤學家李慶逵院士。1979年從湖南省桃源縣遷至湖南省會長沙，并更名為中國科學院長沙農業現代化研究所，所部位于湖南省長沙市芙蓉區遠大二路。2002年5月，研究所整體進入中國科學院知識創新工程試點序列，其學科方向調整為亞熱帶復合農業生態系統生態學，2003年10月更名為中國科學院亞熱帶農業生態研究所。